Gall therapi tonnau sioc gael sgîl-effeithiau penodol. Mae therapi tonnau sioc fel arfer yn defnyddio tonnau aer cryf i gyflawni effeithiau therapiwtig. Yn ystod y broses drin, gall arwain at niwed i'r arennau, cerrig ureteral eilaidd, ac ymledu ureteral. Gall rhai cleifion hefyd brofi cochni meinwe lleol, gwaedu isgroenol, cleisio, poen, a symptomau eraill. Ond mae mwyafrif helaeth yr achosion yn rhai dros dro a byddant yn gwella'n raddol ar ôl 1-2 diwrnod o driniaeth. Argymhellir nad yw cleifion yn poeni gormod, yn dilyn trefniadau'r meddyg, yn derbyn triniaeth amserol, ac yn rheoli eu cyflwr.